E coli в мазке 10 в 4 степени: В бакпосеве из цервикального канала выявлена кишечная флора – надо ли лечить?

Существует очень мало подробных исследований по отторжению артефактов для скрининга шейки матки.Некоторые исследовательские работы игнорируют эту проблему, работая с визуально выбранными или проверенными изображениями ядер, полагаясь, таким образом, на ручное отклонение артефактов, что, конечно, невозможно сделать для реальной системы скрининга. Другие статьи включают отклонение артефактов на этапах сегментации или классификации. Тем не менее, анализ проблемы отклонения артефактов сам по себе позволяет легче увидеть, какой производительности можно достичь, и связать это с тем, что необходимо. Malm et al. недавно представили такое исследование, в котором продемонстрировали специфичность 99.38% на мазках и 99,83% на образцах LBC, при сохранении чувствительности около 98% на основе материала из около 12 000 автоматически обнаруженных и сегментированных изображений объектов, визуально классифицированных по ядрам клеток и артефактам [46]. При такой производительности у нас все равно будет несколько сотен артефактов, искажающих данные, если мы проанализируем 100000 объектов, поэтому может быть трудно достичь чувствительности обнаружения нескольких аномальных ячеек без получения слишком большого количества ложноположительных образцов. Тем не менее, это указывает на то, чего необходимо достичь для создания полезной системы.

3.5. Извлечение признаков

Когда у нас есть точная сегментация ядер клеток, мы можем извлечь признаки, описывающие размер, форму и текстуру объекта. Наиболее очевидными признаками являются те, которые представляют больший размер и более неправильную общую форму злокачественных ядер. Эти особенности могут быть извлечены при относительно низком разрешении и даже без точного фокусирования ячейки. При условии идеального отторжения артефактов эти особенности могут быть полезны при обнаружении значительной части явно злокачественных клеток и образцов.Они использовались в системах первого поколения, которые потерпели неудачу из-за отсутствия адекватной защиты от артефактов. За прошедшие годы было изобретено и протестировано множество других функций. В [47] были рассмотрены и систематизированы различные виды предложенных функций.

Самая важная информация о том, является ли ядро ​​нормальным или (пред) злокачественным, содержится в структуре хроматина или текстуре ядра. ДНК в ядре распределяется по-другому, когда на клетку влияет злокачественный процесс.Этот эффект можно увидеть и измерить даже с помощью PAP-окрашивания, которое не является стехиометрическим для ДНК. Однако измерить распределение хроматина сложно. Наиболее распространенные подходы основаны на статистическом описании соседних уровней серого, обычно измеряемых с помощью так называемых матриц вероятностей перехода, как первоначально было предложено в [48]. Другой подход состоит в том, чтобы рассматривать отдельные гранулы хроматина как сегментированные объекты, а затем описывать пространственные отношения между этими объектами, например, с помощью методов анализа графов [49].Различные способы измерения характеристик хроматина обсуждаются в [50], а также в [47]. Очень важным аспектом анализа хроматина является то, что вам нужен идеальный фокус и изображения очень высокого качества, чтобы надежно представить этот образец, который находится на пределе оптического разрешения или превышает его.

4. Стратегии классификации

Конечная цель процесса скрининга PAP-мазка — найти женщин с предраковыми поражениями, чтобы их можно было вылечить до того, как злокачественное новообразование перерастет в потенциально смертельный инвазивный рак.При запуске обычного процесса визуального скрининга цитотехники могут классифицировать большинство образцов как совершенно нормальные и не нуждающиеся в дополнительном обзоре. Важно понимать, что мы обычно проверяем население в целом, поэтому подавляющее большинство образцов, возможно, 96%, являются нормальными. Тем не менее, некоторые образцы выглядят более подозрительно, и их направляют к цитопатологу для проверки; в некоторых случаях злокачественное новообразование может быть настолько очевидным, что цитотехнолог может быть уверен в этом; по-прежнему требуется подтверждение патологоанатома.Положительный образец затем приведет к тому, что женщина будет вызвана для дополнительного обследования, возможно, включая кольпоскопию и биопсию, и, если поражение будет подтверждено, простая операция с процедурой электрохирургического удаления петли или аналогичной для его удаления. Существуют различные уровни изменений внешнего вида клеток, которые можно обнаружить, и существует консенсусный стандарт по их классификации, называемый системой Bethesda [51]. Согласно системе Bethesda, существует также ряд отклонений от совершенно нормального слайда до небольших отклонений ASC-US, поражений низкой степени, LSIL, поражений высокой степени, HSIL и, наконец, рака.Конечно, особенно важно выбрать более высокие оценки и не ясно, действительно ли необходимо обнаруживать небольшие изменения. Не все поражения низкой степени злокачественности разовьются до рака, даже если их не лечить, а когда они это сделают, это может занять десятилетие или даже больше. При регулярной программе повторного скрининга с взятием нового образца с интервалом в несколько лет вероятность обнаружения поражения до того, как оно перейдет в рак, поэтому высока, даже если риск пропустить его при однократном скрининге довольно высок, возможно 20-30 %.

При добавлении устройства автоматического просеивания к общей настройке досмотра его можно использовать по-разному. Первоначальная концепция заключалась в том, чтобы сделать автоматический предварительный скрининг, который мог бы сказать, что значительная часть образцов была нормальной, но с очень небольшим количеством ложноотрицательных результатов, то есть без пропуска или очень немногих истинно положительных образцов. Для достижения низкого уровня ложноотрицательных результатов можно принять относительно высокий уровень ложноположительных результатов, поскольку эти образцы проверялись визуально. Даже если бы только 50% образцов можно было отклонить как явно нормальные, система снимала бы половину нагрузки на визуальный скрининг и могла бы быть рентабельной, если бы не добавляла слишком много к общей стоимости скрининга.Система SurePath обычно используется в этом режиме и настроена на удаление только 25% образцов, а также ранжирование положительных результатов по различным категориям вероятности быть действительно положительными.

Другой способ использования автоматизированной системы — запускать ее параллельно с визуальной проверкой. Поскольку люди и машины, скорее всего, будут делать разные ошибки, комбинированная система повысит чувствительность всего процесса проверки, то есть снизит частоту ложноотрицательных результатов. Но оборотной стороной является то, что общая рабочая нагрузка и стоимость скорее увеличиваются, чем уменьшаются.Система Thinprep в основном предназначена для использования в этом режиме.

4.1. Подход к редким событиям

Автоматизированная система скрининга на основе анализа изображений анализирует клетки одну за другой и может на основе характеристик, извлеченных из изображения клетки, классифицировать ее как нормальную или ненормальную. Самый простой способ использовать информацию из классификатора клеток — просто подсчитать, сколько аномальных клеток мы обнаружили в образце, и если оно превышает нижний порог, мы называем образец подозрительным.Проблема состоит в том, чтобы установить порог так, чтобы мы не пропустили истинные положительные результаты, особенно невысокие, и при этом избегали слишком большого количества ложных срабатываний [52].

Этот подход игнорирует информацию о том, насколько уверен классификатор ячеек в своем решении. Может оказаться, что одна клетка явно злокачественная, а другая очень близка к порогу нормы. Если мы сохраним эту информацию, мы сможем принять решение на уровне образца о том, обнаружили ли мы слишком много аномалий, чтобы назвать образец нормальным, либо на основе всего нескольких явно злокачественных клеток, либо на основе большего количества клеток, немного превышающих пороговое значение [53] .

Если мы сможем проводить анализ изображения и извлечение признаков в режиме онлайн во время сканирования образца, мы можем остановить анализ, как только найдем достаточные доказательства того, что образец не является явно нормальным. Это может сэкономить время, поскольку отпадает необходимость сканировать и обрабатывать остальную часть образца. Эта стратегия не вызывает сомнений, поскольку не увеличивает риск ложноотрицательных результатов. Но поскольку подавляющее большинство образцов являются нормальными в типичной ситуации скрининга, нам необходимо иметь возможность преждевременно останавливаться, даже когда мы найдем достаточные доказательства того, что образец нормален, чтобы действительно сэкономить время.И это спорно; Обычно требуется, чтобы цитотехнолог изучил весь образец, прежде чем признать его нормальным. Тем не менее, только небольшая часть клеток, соскобленных с шейки матки, действительно попадает на стекло, поэтому мы не анализируем все возможные клетки, даже когда смотрим на предметное стекло целиком. Однако при обычном PAP-мазке есть своего рода отображение между областями шейки матки на слайде, поэтому мы можем систематически пропустить какую-то важную область, преждевременно остановившись. Для препарата на жидкой основе гораздо меньше клеток доступно для анализа на образце, но есть этап смешивания, поэтому мы можем предположить, что у нас есть случайный образец, и можем остановиться, как только у нас будет достаточно много клеток для требуемой статистической значимости. в решающей функции.

4.2. Изменения, связанные со злокачественными новообразованиями (MAC)

В подходе к проблеме скрининга, описанном до сих пор, системы имитировали способ, которым это делают люди, то есть поиск потенциально редких (пред) злокачественных клеток. Достижение низкого уровня ложноотрицательных результатов даже для образцов с небольшим количеством диагностических клеток является сложной задачей и требует анализа очень большого количества клеток. Однако существует альтернативный подход, основанный на так называемых изменениях, связанных со злокачественными новообразованиями (MAC). Уже в 1967 году было обнаружено, что клетки, находящиеся поблизости от злокачественного новообразования, подвергаются такому влиянию, что они претерпевают небольшие, часто субвизуальные изменения текстуры хроматина [54].Эти открытия были подтверждены в ранних исследованиях по автоматизированному скринингу шейки матки [55, 56]. Несмотря на то, что эти сдвиги были недостаточно сильными, чтобы быть полезными на уровне отдельных клеток, они позволяли обнаруживать аномальные образцы посредством статистического анализа распределений признаков небольшой популяции, нескольких сотен клеток, при условии, что эти признаки были извлечены очень сильно. точно. Поскольку эти изменения присутствуют во всех клетках, расположенных в непосредственной близости от злокачественного процесса, мы можем использовать другой подход к скринингу.Нам необходимо уметь надежно обнаруживать эти тонкие изменения в популяциях клеток в образце. Но нам не нужно перебирать весь образец; Для характеристики распределения хроматина в популяции клеток необходимы только данные от достаточно большого количества клеток, обычно около 500 клеток. Наиболее систематически эту идею преследовала группа из Онкологического исследовательского центра Британской Колумбии [57, 58]. Также в этом случае нам нужно очень точное удаление артефактов; мы не хотим извлекать данные текстуры из артефактов.И нам нужен идеальный фокус для каждой ячейки. Даже небольшое отклонение от идеального фокуса вызывает значительные изменения в изображении хроматина. Еще не было убедительно продемонстрировано, что только МАК может обнаруживать ранние предраковые изменения с достаточной чувствительностью.

4.3. Подход к изучению плоидности ДНК

Злокачественный процесс не только изменяет распределение ДНК в ядре, но также увеличивает количество ДНК. При стехиометрическом окрашивании гистограмма интегральной оптической плотности всех ядер покажет диплоидное распределение для нормальных клеток и другое анеуплоидное распределение для злокачественных клеток.Поэтому модифицированные стехиометрические PAP-подобные красители были разработаны и использованы для автоматизированных скрининговых исследований [59–61], показав весьма многообещающие результаты. Этот метод в настоящее время используется в Китае в исследовании с участием нескольких сотен тысяч женщин [62]. Поскольку этот подход основан на денситометрических измерениях, существуют довольно строгие требования к постоянному окрашиванию, контролю освещения и калибровке изображения. Отказ от артефактов также очень важен; мы должны быть уверены, что измерения ДНК производятся только от одиночных, свободно лежащих, хорошо сохранившихся ядер.Существенная проблема с этими модифицированными красителями состоит в том, чтобы добиться их признания широким сообществом, поскольку новый внешний вид образцов может потребовать дорогостоящего переобучения. Эту концепцию также можно использовать с обычным PAP-окрашиванием, но из-за отсутствия стехиометрического окрашивания измерения плоидности будут менее надежными.

4.4. Статистика полевых испытаний и требования к производительности: технические и этические вопросы

Статистика, необходимая для разработки успешной системы скрининга, сложна на нескольких уровнях, как описано в предыдущих параграфах.Но у нас также есть сложная статистика о самом высоком уровне скрининга населения. Машина для скрининга, которая систематически пропускает значительную часть положительных образцов, снижает доверие к программам скрининга и подвергает женщин риску развития инвазивного рака до того, как проблема будет обнаружена. Поскольку система скрининга обычно используется в основном для анализа нормальных образцов, не более нескольких процентов образцов действительно положительны. Чтобы с высокой степенью уверенности доказать способность системы к обнаружению, нам необходимо проанализировать сотни положительных случаев.На этапе разработки мы можем достичь большого количества положительных случаев, выборочно прогоняя положительные случаи в машине. Но для окончательной оценки мы должны запустить ее на типичной смеси рутинных образцов. Таким образом, нам нужен объем в десятки тысяч образцов для правильного тестирования системы. Ситуация усложняется еще и тем, что при визуальном обследовании выявляются различные виды редких отклонений. Нам нужно убедиться, что машина выполняет приемлемую работу и для них.На этом этапе тестирования машину необходимо будет использовать параллельно с визуальным контролем, что вызовет двойные эксплуатационные расходы плюс дополнительную работу по выполнению сравнений и статистических оценок. Таким образом, заключительные этапы проверки системы — это сложный и дорогостоящий порог, который нужно преодолеть, прежде чем новая система будет готова к широкому использованию.

Каким требованиям к рабочим характеристикам должна соответствовать просеивающая машина — это вопрос, который на протяжении многих лет вызывает споры. Идеальная машина должна иметь нулевой процент ложных отрицательных результатов и нулевой процент ложных срабатываний.На практике это невозможно, поэтому мы должны учитывать реалистичные требования.

Количество ложноотрицательных результатов — это в первую очередь этическая проблема. Если мы не обнаружим поражения высокой степени злокачественности, это может привести к развитию рака у женщины. Требование должно заключаться в том, чтобы машина была по крайней мере так же хороша, как текущий процесс визуального досмотра. Но это требование также имеет два аспекта. В среднем он не должен пропускать больше образцов, чем пропускает хороший цитотехнолог. Кроме того, он не должен систематически пропускать какие-либо соответствующие поражения.

С другой стороны, количество ложных срабатываний при первоначальной автоматической проверке образцов является экономической проблемой. Ложноположительные результаты всего скрининга после осмотра цитологом обходятся дорого и вызывают беспокойство у женщины, которую вызывают на новое исследование, что может быть истолковано как сообщение о том, что у нее может быть рак. Но не создана система скрининга, чтобы положительные результаты теста приводили к вызову женщины на новое обследование. Образцы, классифицированные аппаратом как потенциально положительные, визуально проверяются цитотехником и, если они все же оказываются положительными, цитологом.Такой повторный скрининг стоит денег и снижает выгоду от машинного скрининга. Все еще могут быть приняты очень высокие уровни «машинных ложных срабатываний», например 75% для одной из коммерческих систем. Затем машину настраивают так, что только нормальные образцы классифицируются как нормальные, а все остальное также должно проверяться человеком.

4.5. Требования к производительности: юридические вопросы

Развертывание автоматизированного процесса проверки значительно усложняется юридическими аспектами.В большинстве стран, по уважительным причинам, существуют строгие правила, касающиеся того, как тестировать скрининговую машину до того, как она будет одобрена для повседневного использования. В США скрининговая машина нуждается в предварительном одобрении FDA, прежде чем она может быть продана для использования в клинической диагностике. Получение такого разрешения включает в себя подробную документацию по всем аспектам машины, а также всестороннее тестирование ее производительности в рамках крупных, хорошо задокументированных исследований. Но юридический аспект не ограничивается получением одобрения соответствующих органов.Если машина не обнаруживает в образце высококлассное поражение, и это приводит к тому, что женщина заболевает раком, к производителю машины может быть предъявлен иск о возмещении причиненного ущерба. Это может быть очень дорого, и ни один производитель не может пойти на такой риск. Поэтому процедуры использования просеивающих машин разработаны таким образом, чтобы минимизировать этот риск. Один из способов сделать это — потребовать от человека, проводящего скрининг, визуально проверить некоторые данные от каждого образца, например, набор изображений объектов, которые машина определила как наиболее «злокачественные» на образце, или несколько выбранных полей изображения. оптически через окуляр микроскопа.Таким образом, ответственность называть образец «нормальным» переходит от производителя к пользователю. Другой подход заключался в том, чтобы запустить машинный скрининг параллельно с обычным визуальным скринингом с тем обоснованием, что ошибки, совершаемые машиной и человеком, различны, и, таким образом, общая чувствительность для обнаружения злокачественности повышается. Очень консервативно, устанавливая порог, когда образец можно назвать «нормальным» без дальнейшего осмотра человеком, некоторые производители снизили риск пропуска положительного образца до уровня, когда он был признан приемлемым.В США этот порог в настоящее время находится на уровне 25%; то есть 75% всех образцов должны быть проверены как на машинах, так и на людях. Такие фиксированные пороговые значения не установлены в других частях мира.

Все эти юридические меры предосторожности призваны защитить женщин от ненужного риска заболеть раком, несмотря на то, что они прошли обследование, что, конечно, хорошо. Но они также внесли значительный вклад в тот факт, что автоматическая проверка до сих пор не оказала реального влияния на стоимость проверки.Тем не менее, большинству женщин в мире не предлагается регулярное обследование из-за высоких связанных с этим затрат. Автоматизированная система скрининга, которая почти не уступает лучшим системам визуального скрининга при значительно более низкой стоимости, могла бы спасти миллионы женщин от смерти от рака шейки матки. Но будет ли такое устройство когда-либо принято правовыми системами? Вероятно, это не будет принято в США, но, возможно, в некоторых других частях мира.

5. Заключение

В этом документе мы обрисовали 60-летнюю историю усилий по автоматизации скрининга на рак шейки матки и указали, как различные поколения систем пытались решить задачи этой сложной задачи.Мы также обсудили различные аспекты этих проблем и способы их решения. В заключение давайте обсудим, где мы находимся сегодня.

Целью автоматизированной системы проверки является снижение стоимости и / или количества ложных отрицательных результатов программы проверки. Для достижения первой цели необходимо, чтобы затраты на эксплуатацию системы, включая капитальные затраты и затраты на обслуживание в дополнение к прямым операционным затратам, были меньше, чем затраты на выполнение той же работы, которую система выполняет с помощью традиционных ручных методов.Сомнительно, чтобы коммерческие системы нынешнего поколения соответствовали этим целям. Они были больше сосредоточены на второй цели. При запуске машинного скрининга параллельно с визуальным скринингом вполне вероятно, что машина пропустит другие отклонения, кроме скрининга человека, тем самым снизив общий уровень ложноотрицательных результатов. Однако общие эксплуатационные расходы будут выше. Таким образом, доступные в настоящее время коммерческие системы могут незначительно повысить качество скрининга, но существенно не снизят стоимость.

Сегодня известно, что рак шейки матки вызывается папилломавирусной инфекцией. Альтернативным или дополнительным методом скрининга является проверка на наличие таких инфекций. Есть исследования, показывающие, что сочетание обоих видов анализа увеличивает чувствительность обнаружения предраковых поражений [63]. Тем не менее, кажется, есть ограниченное преимущество замены PAP-теста только тестом на вирусы. Знание о том, что рак вызван вирусной инфекцией, также открыло возможность вакцинации против вируса папилломы человека.Если такие программы вакцинации станут глобально всеобъемлющими, распространенность рака можно будет снизить до уровня, при котором в скрининге больше не будет необходимости. Но, к сожалению, маловероятно, что это произойдет в ближайшее время, и даже после того, как всем будет предложена вакцинация, пройдут десятилетия, прежде чем последствия охватят все возрастные группы.

Историческое развитие области скрининга происходило параллельно с фантастическим развитием компьютерных технологий. Теперь у нас есть в миллионы раз больше компьютерной мощности, доступной на доллар, чем у нас было, когда были построены первые цифровые скрининговые системы.Точно так же резко развивалась технология датчиков изображения. Даже с тех пор, как около 15 лет назад была разработана первая версия текущих коммерческих систем, в базовых технологиях был достигнут значительный прогресс. Также произошли значительные изменения в алгоритмической части, хотя, возможно, не столь драматично, как в области аппаратного обеспечения. Все это создает почву для хорошей возможности сегодня разработать действительно рентабельную систему досмотра. Скорее всего, сегодня полностью автоматизированная система досмотра может быть построена по цене, по крайней мере, на порядок ниже, чем стоимость имеющихся в настоящее время коммерческих систем.Такая система могла бы сделать экономически целесообразным внедрение комплексных систем скрининга также в более бедных частях мира и, в конечном итоге, повлиять на высокую заболеваемость раком шейки матки там. Конечно, существуют серьезные проблемы при организации эффективной программы скрининга в таких странах, но компактная и надежная автоматизированная система скрининга может иметь большое значение.

Конфликт интересов

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов в отношении публикации данной статьи.

Границы | Бета-лактамазы расширенного спектра действия, продуцирующие E. coli в дикой природе, еще одна форма загрязнения окружающей среды?

Введение

Простое появление в окружающей среде устойчивости к противомикробным препаратам и соответствующих генов устойчивости — это древнее явление, которое является результатом того простого факта, что большинство используемых в настоящее время противомикробных веществ основаны на естественных прецессорах, продуцируемых почвенными бактериями, такими как Streptomycetes (D’Costa). и другие., 2011). Предполагается, что функция этих предшественников современных антибиотиков в большей степени связана с конкуренцией микробов за экологическую нишу и, таким образом, очень отличается от той роли, которую они играют в качестве «оружейного щита» в современных клинических условиях (Martinez, 2009a, b; Allen et al. ., 2010). Тем не менее рост не присущей противомикробной устойчивости патогенных бактерий начался после внедрения антибиотиков в медицину около 60 лет назад, что свидетельствует о корреляции между антимикробным давлением и возникновением устойчивости у патогенов (Allen et al., 2010; Боннедаль, 2011). Хотя мы рассматриваем обнаружение патогенов с множественной лекарственной устойчивостью, таких как бета-лактамазы с расширенным спектром действия, продуцирующих грамотрицательные бактерии в дикой природе, как новое явление, это можно было ожидать, поскольку в образцах окружающей среды уже были обнаружены устойчивые к противомикробным препаратам бактерии, отличные от изначально устойчивых почвенных организмов. без какого-либо противомикробного воздействия несколько десятилетий назад (Sato et al., 1978; Kanai et al., 1981; Hughes and Datta, 1983; Tsubokura et al., 1995).

В то время как различные виды бактерий важны с точки зрения мультирезистентности и внутрибольничных инфекций в медицине и ветеринарии, мы рассматриваем грамположительные метициллинорезистентные Staphylococcus aureus (MRSA) и бета-лактамазы расширенного спектра, продуцирующие грамотрицательные бактерии, такие как Escherichia. coli (ESBL- E. coli ) в качестве основных индикаторных патогенов для отслеживания эволюции мультирезистентных бактерий в окружающей среде и дикой природе. Оба организма с множественной устойчивостью также попали в животноводство и в домашних животных (Smet et al., 2010b; Ewers et al., 2011; Wieler et al., 2011). Последние данные эпиднадзора за устойчивостью этих организмов к противомикробным препаратам в клинических условиях у людей демонстрируют две основные тенденции. Согласно базе данных EARS-NET, распространенность MRSA оставалась на высоком, но стабильном уровне в течение последних лет, тогда как распространенность ESBL- E. coli постоянно возрастала в течение последнего десятилетия. Хотя большинство ESBL по-прежнему регистрируется из клинических изолятов человека (Bradford, 2001; Bonnet, 2004; Pitout, 2010), они также все чаще регистрируются при внебольничных бактериальных инфекциях.Это указывает на то, что ESBL- E. coli вышли из клиник, были успешно переданы и в настоящее время сохраняются в сообществе (Arpin et al., 2005; Pitout et al., 2005; Wieler et al., 2011). ).

Чтобы понять динамику распространения ESBL- E. coli в естественной среде за пределами популяции человека и домашних животных, важно также иметь в виду общую популяцию E. coli . E. coli встречается повсеместно и бессимптомно колонизирует кишечник птиц и млекопитающих.Таким образом, E. coli обнаруживаются во всем мире не только в кишечнике, но и в окружающей среде (Wirth et al., 2006; Goldberg et al., 2008; Rwego et al., 2008). Кишечная популяция E. coli у млекопитающих и птиц сильно различается между особями даже одного вида. Вот почему знания о популяции E. coli одного вида на самом деле скудны и ограничиваются только отдельными исследованиями, которые не представляют вид в целом (Schierack et al., 2008а, б; Leser and Molbak, 2009). Однако очевидно, что использование противомикробных соединений приводит к селекции устойчивых клонов, причем одним из механизмов является горизонтальный перенос генов между штаммами (LeClerc et al., 1996).

Хотя до сих пор неясно, как ESBL- E. coli попадает в естественную среду, они наблюдались в окружающей среде через два десятилетия после первых вспышек ESBL- E. coli в клинических условиях у людей ( Kitzis et al., 1988; Bauernfeind et al., 1989; Коста и др., 2006). Одновременно произошло распространение ESBL- E. coli в сообществе, и можно было бы предположить, являются ли экологические ESBL- E. coli вторичной формой загрязнения окружающей среды из-за сильного влияния человека (Arpin et al., 2005). ; Pitout et al., 2005; Martinez, 2009a). Интересно, что первые сообщения о ESBL- E. coli в дикой природе датируются вскоре после их появления в животноводстве, что также может указывать на распространение ESBL- E.coli в окружающую среду (Kummerer, 2009). Кажется маловероятным, что патогены, выделенные из диких животных, приобрели устойчивость в результате новых параллельных мутаций в соответствующих генах. Горизонтальный перенос генов устойчивости из клинических изолятов или поступление уже устойчивых бактерий из человеческих отходов, сточных вод и навоза домашних животных может быть более вероятным (Kummerer, 2009; Martinez, 2009b).

Escherichia coli из дикой природы может, таким образом, проявлять полирезистентный фенотип не из-за близкого использования противомикробных или противомикробных препаратов в субтерапевтических концентрациях в естественной среде, а потому, что удаленное использование привело к развитию мультирезистентного организма, который впоследствии распространился на различные экологические ниши (O’Brien, 2002).Присутствие комменсальных и патогенных бактерий в фекальных загрязнениях можно предположить как связь между условиями с регулярным или даже постоянным антимикробным давлением (животноводство, аквакультура, человеческие и ветеринарные клинические учреждения) и окружающей средой, что приводит к постоянному высвобождению антибиотика. -резистентные бактерии человека и животных попадают в окружающую среду через сточные воды или навоз (Martinez, 2009b). Обнаружение устойчивых к противомикробным препаратам бактерий в водной среде, подверженной воздействию сточных вод человека и животных и почвы, является доказательством этой гипотезы (Kummerer and Henninger, 2003).В этом контексте широкое использование антибиотиков в аквакультуре рыб также имеет первостепенное значение из-за возможного прямого воздействия на водоплавающих птиц (Baquero et al., 2008; Smith, 2008). Поскольку кишечные бактерии, такие как E. coli , могут легко распространяться в различных экосистемах через воду, они интенсивно используются в качестве индикаторных видов для загрязнения фекалиями, но S. aureus также регулярно выделяется из образцов фекалий. Следовательно, их также можно использовать для отслеживания эволюции устойчивости к противомикробным препаратам в различных экосистемах (Van Den Bogaard et al., 2000). Более того, E. coli , несмотря на свой комменсальный характер, часто вызывает инфекции животных и человека, требующие использования антибиотиков, что добавляет проблемы общественного здравоохранения к списку последствий, возникающих в результате распространения ESBL- E. coli в дикой природе.

В отличие от исследований появления ESBL- E. coli у людей и домашних животных, их присутствие в дикой природе редко рассматривалось. Таким образом, в этом обзоре обобщены имеющиеся в настоящее время данные о присутствии ESBL- E.coli в дикой природе, концентрируясь на птицах и грызунах. Он направлен на повышение осведомленности о насущной необходимости сбора знаний о воздействии ESBL- E. coli на микробиоту диких животных и вытекающих из этого последствиях для окружающей среды и здоровья населения, признавая зоонозный потенциал E. coli и его численность в природе (Allen et al., 2010; Bonnedahl, 2011).

Бета-лактамные антибиотики

Класс бета-лактамных антибиотиков входит в число наиболее важных групп противомикробных средств в медицине и ветеринарии.Химические вещества в основном идентичны в обеих областях клинического применения. Помимо первого широко используемого противомикробного вещества пенициллина, другие члены этого семейства приобрели такое же значение за последние десятилетия, а именно цефалоспорины первого-четвертого поколений и ингибиторы бета-лактамаз. В ветеринарии немногочисленные существующие исследования подтверждают, что бета-лактамные противомикробные препараты являются наиболее часто назначаемыми противомикробными средствами мелким животным (DANMAP, 2007; SVARM, 2008).В животноводстве в последние годы наблюдалось снижение использования бета-лактамных противомикробных препаратов (NORM / NORM-VET, 2010), в основном из-за ограничений в рецептах. Все бета-лактамы препятствуют заключительному этапу синтеза пептидогликана, воздействуя на пенициллин-связывающие белки, тем самым препятствуя формированию стенки бактериальной клетки. Пептидогликан составляет слой между внешней мембраной и цитоплазматической мембраной, который поддерживает форму клетки и защищает бактерии от осмотических сил.Наиболее распространенный механизм резистентности Enterobacteriaceae spp. Против бета-лактамов происходит инактивация препарата путем гидролитического расщепления кольцевой системы бета-лактамов (Greenwood, 2000).

Бета-лактамазы

В настоящее время известно более 400 различных ферментов бета-лактамаз, обладающих одним и тем же механизмом устойчивости, но различающихся диапазоном субстратов и чувствительностью к ингибирующим веществам. Бета-лактамазы с расширенным спектром действия обладают расширенным спектром субстратов, и это напрямую повлияло на глобальные изменения в эпидемиологии бета-лактамаз с начала 1990-х годов в медицине человека и с 2000 года в ветеринарии (Kong et al., 2010; Pitout, 2010; Smet et al., 2010b). Термин расширенный спектр определяет способность БЛРС гидролизовать более широкий спектр бета-лактамных противомикробных препаратов, чем исходные бета-лактамазы, из которых они были первоначально получены. Хотя они способны инактивировать бета-лактамные противомикробные препараты, содержащие оксимино-группу, такую ​​как оксимино-цефалоспорины (например, цефтазидим, цефотаксим), а также оксимино-монобактам (азтреонам), БЛРС не активны в отношении цефамицинов и карбапенемов. Они обычно ингибируются ингибиторами бета-лактамаз, такими как клавулановая кислота и тазобактам, что указывает на разницу между бактериями, продуцирующими ESBL и AmpC-бета-лактамазы (Bradford, 2001).Было описано несколько различных схем классификации бактериальных бета-лактамаз, включая систему, разработанную Bush et al. (1995), который основан на активности бета-лактамаз в отношении различных противомикробных препаратов бета-лактама, и наиболее широко используемой в настоящее время системе Ambler, которая делит бета-лактамазы на четыре класса (A, B, C и D) на основе от их аминокислотных последовательностей (Ambler, 1980). Большинство БЛРС относятся к классу А Амблера и группе 2be Буша. БЛРС были обнаружены у широкого круга грамотрицательных бактерий, но подавляющее большинство бактериальных хозяев принадлежат к семейству Enterobacteriaceae, включая Klebsiella spp., E. coli , Salmonella enterica , Citrobacter spp. И Enterobacter spp. (Брэдфорд, 2001). Четыре семейства ферментов, а именно бета-лактамазы TEM (Temoneira), бета-лактамазы SHV (сульфгидрильная вариабельная), бета-лактамазы CTX (цефотаксимаза) -M-типа и бета-лактамазы OXA (оксациллиназы) в настоящее время являются считались наиболее распространенными БЛРС среди Enterobacteriaceae spp. Бета-лактамазы ТЕМ-типа являются производными ТЕМ-1, который был впервые продемонстрирован в 1965 году на E.coli , полученный от пациента по имени Temoneira в Афинах, Греция, и TEM-2, и состоит из более чем 150 различных ферментов. В то время как большинство бета-лактамаз ТЕМ представляют собой БЛРС, ТЕМ-1, ТЕМ-2 и ТЕМ-13 способны гидролизовать только производные пенициллина и, таким образом, не рассматриваются как БЛРС (Livermore, 1995).

Подобно ферментам типа ТЕМ, большинство ферментов SHV представляют собой БЛРС. Все известные в настоящее время ферменты SHV являются производными SHV-1 и SHV-2. В то время как SHV-1 просто придает устойчивость к пенициллинам широкого спектра действия, SHV-2, который был впервые описан в 1983 году у штамма Klebsiella ozaenae , выделенного в Германии, способен гидролизовать цефотаксим (Gupta, 2007).В отличие от бета-лактамаз TEM- и SHV-типа, большинство членов семейства бета-лактамаз OXA-типа не считаются БЛРС, поскольку они не гидролизуют цефалоспорины третьего поколения, за исключением OXA-10, OXA-2. , и их производные. Однако различные OXA-типы (OXA-карбапенемазы) играют важную роль в устойчивости к противомикробным препаратам, например, Acinetobacter baumannii (Pfeifer et al., 2010).

В настоящее время наиболее важным семейством ферментов БЛРС считаются бета-лактамазы CTX-M-типа, названные в честь их способности гидролизовать цефотаксим.Предполагается, что они происходят от бета-лактамаз из Kluyvera spp. и в настоящее время включают более 70 различных ферментов CTX-M, разделенных на пять групп в зависимости от их аминокислотной последовательности (CTX-M-1, CTX-M-2, CTX-M-8, CTX-M-9 и CTX- M-25; Hawkey and Jones, 2009; Pitout, 2010; Naseer, Sundsfjord, 2011). AmpC – бета-лактамазы придают устойчивость к большинству бета-лактамных противомикробных препаратов, за исключением метокси-имино-цефалоспоринов (цефепим) и карбапенемов, хотя они не инактивируются ингибиторами бета-лактамаз, такими как клавулановая кислота.

В последние годы появление бета-лактамаз, гидролизующих карбапенем, таких как NDM-1, KPC и OXA, поставило под угрозу клиническую применимость этого класса антибиотиков (Pfeifer et al., 2010, 2011; Poirel et al., 2010; Walsh , 2010). Карбапенемазы — это бета-лактамазы, которые активны не только против оксиимино-цефалоспоринов и цефамицинов, но также способны гидролизовать карбапенемы, такие как имипенем или меропенем. Эти вещества часто являются «последней линией защиты» при лечении инфекций, вызванных мультирезистентными грамотрицательными патогенами.Эта группа бета-лактамаз очень разнообразна и может быть найдена в трех различных классах бета-лактамаз (класс A, B и D). Подробная информация об этих ферментах содержится в отличных обзорах (Walsh, 2010; Patel and Bonomo, 2011).

БЛРС у человека и домашних животных

Первая внутрибольничная вспышка БЛРС типа CTX-M-1 была зарегистрирована в отделении интенсивной терапии больницы в Париже, Франция (Kitzis et al., 1988). Вскоре после этого Bauernfeind et al. (1989) сообщили о клиническом устойчивом к цефотаксиму E.coli в Германии, который продуцировал бета-лактамазу типа CTX-M-1. В последующие 10 лет в нескольких исследованиях сообщалось о взрывном распространении БЛРС в клинических условиях у людей по всему миру (Bernard et al., 1992; Gniadkowski et al., 1998; Radice et al., 2002; Canton and Coque, 2006). В нескольких обзорных статьях содержится подробное описание возникновения и молекулярной эпидемиологии энтеробактерий, продуцирующих БЛРС, у людей и животных (Bradford, 2001; Bonnet, 2004; Canton and Coque, 2006; Livermore et al., 2007; Cantón et al., 2008; Oteo et al., 2010; Pfeifer et al., 2010; Pitout, 2010; Wieler et al., 2011).

Примерно с 2000 года ферменты CTX-M сформировали быстрорастущее семейство БЛРС в клинических и общественных условиях человека (Bonnet, 2004; Pitout and Laupland, 2008; Mshana et al., 2009), тогда как преобладание классических ферментов ESBL как TEM или SHV уменьшается (Livermore et al., 2007). С началом двадцать первого века E. coli , продуцирующая CTX-M-15, возникла и распространилась по всему миру как важная причина как внутрибольничных, так и внебольничных инфекций мочевыводящих путей и кровотока у людей (Coque et al., 2008; Хантер и др., 2010; Oteo et al., 2010; Pitout, 2010). Ряд молекулярно-эпидемиологических исследований показал, что на внезапное увеличение количества E. coli , продуцирующего CTX-M-15, во всем мире в значительной степени повлияло распространение одной клональной группы штаммов, а именно B2: O25b: h5-ST131-CTX. -M-15 на разных континентах (Nicolas-Chanoine et al., 2008; Rogers et al., 2011). Недавнее появление еще одной клональной группы, ABD-O1: H6-ST648-CTX-M-15, предполагает возможность глобального распространения лишь ограниченного числа клонов (Doi et al., 2010; Зонг и Ю, 2010; Ван Дер Бидж и др., 2011; Wieler et al., 2011). Выявление микроэволюции штаммов этих клонов в местах обитания и экологических нишах, помимо людей и ветеринарных клиник, дает возможность понять, что приводит к сохранению ESBL- E. coli в окружающей среде, в которой отсутствует селективное давление антибиотиков.

В области ветеринарии бета-лактамаза типа SHV-12, продуцирующая E. coli , была первой клинической бактерией, продуцирующей БЛРС, выделенной от собаки с рецидивирующей инфекцией мочевыводящих путей в Испании в 1998 году (Teshager et al., 2000). За этим последовало обнаружение ESBL, продуцирующего E. coli (в основном TEM и SHV), у собак из Италии и Португалии (Feria et al., 2002; Carattoli et al., 2005). Совсем недавно в нескольких исследованиях сообщалось о сопутствующих исследованиях. животные в качестве хозяев для ESBL- E. coli , несущего ферменты CTX-M, что позволяет предположить, что ферменты типа CTX-M будут доминировать в ветеринарии и в будущем (Vo et al., 2007; Carattoli, 2008; O’Keefe et al., 2010; Smet et al., 2010b). Это подтверждается появлением клонально связанной группы E. coli B2-O25b: h5-ST131-CTX-M-15 в области домашних животных (Pomba et al., 2009; Ewers et al. ., 2010, 2011; Biohaz, 2011; Wieler et al., 2011).

Бета-лактамазы расширенного спектра, в основном TEM, CTX-M и SHV-типа, часто обнаруживались в микробиоте сельскохозяйственных животных, что было хорошо изучено Smet et al. (2010b). В течение последнего десятилетия количество публикаций, сообщающих о ESBL- E.coli , выделенных от сельскохозяйственных животных, резко возросло. Примечательно, что большинство ферментов БЛРС, идентифицированных в E. coli домашнего скота, также присутствуют в бактериях, полученных от человека (Smet et al., 2010b).

БЛРС в дикой природе

Историческая перспектива

Первые сообщения о наличии детерминант устойчивости у E. coli из популяций людей и животных, лишенных селективного противомикробного воздействия, относятся к 1960-м годам (Mare, 1968).Устойчивые к противомикробным препаратам Изоляты E. coli , происходящие от диких животных, были впервые зарегистрированы в начале 1980-х годов от японских диких птиц (Sato et al., 1978; Kanai et al., 1981; Tsubokura et al., 1995). и 5 лет спустя у южноафриканских павианов, питающихся человеческими отходами (Rolland et al., 1985; Routman et al., 1985). В новом тысячелетии количество исследований, описывающих появление устойчивых к противомикробным препаратам E. coli в дикой природе, значительно увеличилось (Gilliver et al., 1999; Соуза и др., 1999; Шерли и др., 2000; Fallacara et al., 2001; Ливермор и др., 2001; Остерблад и др., 2001; Swiecicka et al., 2003; Коул и др., 2005; Лиллехауг и др., 2005; Миддлтон и Амброуз, 2005; Sayah et al., 2005; Скурник и др., 2006; Долейска и др., 2007; Literak et al., 2007; Караттоли, 2008; Джионечетти и др., 2008; Ewers et al., 2009; Guenther et al., 2010c).

Однако обнаружение ESBL- E. coli из дикой природы датируется только 2006 годом (Costa et al., 2006). С тех пор последовало несколько отчетов (Costa et al., 2008; Poeta et al., 2008, 2009; Bonnedahl et al., 2009, 2010; Dolejska et al., 2009; Literak et al., 2009a, b, 2010; Guenther et al., 2010a, b; Hernandez et al., 2010; Pinto et al., 2010; Radhouani et al., 2010; Simoes et al., 2010; Smet et al., 2010b; Garmyn et al., 2011; Ho et al., 2011; Silva et al., 2011; Sousa et al., 2011; Wallensten et al., 2011).

Географическая перспектива

Хотя ESBL-, изоляты E. coli дикого происхождения были зарегистрированы только в Европе (Costa et al., 2008; Поэта и др., 2008, 2009; Боннедаль и др., 2009, 2010; Долейска и др., 2009; Literak et al., 2009b, 2010; Guenther et al., 2010a, b; Пинто и др., 2010; Радхуани и др., 2010; Simoes et al., 2010; Гармин и др., 2011; Сильва и др., 2011; Соуза и др., 2011; Wallensten et al., 2011), Африке (Literak et al., 2009a) и Азии (Hernandez et al., 2010; Ho et al., 2011), их отсутствие в Северной и Южной Америке, Антарктиде и Австралии может просто отражают разное количество исследований, проведенных на этих континентах.Как полирезистентный , E. coli уже сообщалось с этих континентов (Souza et al., 1999; Sherley et al., 2000; Fallacara et al., 2001; Cole et al., 2005; Middleton and Ambrose, 2005; Sayah et al., 2005; Kozak et al., 2009; Silva et al., 2009) можно было ожидать присутствия ESBL- E. coli дикого происхождения. Тем не менее, данные с одного континента или региона могут не служить подходящей базой для другого и могут не коррелировать с уровнем использования антибиотиков в соответствующих регионах.Помимо простых географических эффектов, таких как континент происхождения, кажется более подходящим пересмотреть тип региона, откуда происходят изоляты. Параметры, которые были приняты в качестве важных критериев, включают состояние естественной сохранности, поголовье скота и плотность населения или удаленность местности (Allen et al., 2010). Уровень резистентных бактерий, наблюдаемый у диких животных, по-видимому, хорошо коррелирует со степенью связи с деятельностью человека (Skurnik et al., 2006; Allen et al., 2010). Тем не менее, в нескольких исследованиях сообщается о наличии ESBL- E. coli в отдаленных местах или заповедных зонах (Hernandez et al., 2010; Pinto et al., 2010), что подчеркивает сложность распространения устойчивости к противомикробным препаратам у диких животных. . Эти данные предполагают, с одной стороны, влияние миграционного поведения диких птиц, например, в отдаленные районы, или, с другой стороны, вездесущее влияние человека в различных экологических нишах планеты в основном через человеческие фекалии.Большинство исследований по ESBL- E. coli в дикой природе происходят из Центральной Европы, района с высокой плотностью поголовья скота и людей и предполагаемым частым взаимодействием дикой природы с любой подверженной влиянию человеком средой обитания, такой как животноводческие фермы, свалки, канализационные системы или сточные воды. очистных сооружений, что повышает риск заражения диких животных устойчивыми к антибиотикам бактериями (Allen et al., 2010). Ранее было показано, что у чаек общие штаммы E. coli и изоляты, выращенные на свалках и очистных сооружениях (Nelson et al., 2008). Это подчеркивает возможность бактериального обмена между сточными водами человека и птицами.

Как показано в Таблице 1, уровни обнаружения ESBL- E. coli в различных географических районах варьировались от 0,5% у птиц отдаленных Азорских островов в Атлантическом океане (Silva et al., 2011) до 32% у птиц Иберийский полуостров (Simoes et al., 2010). Однако, безусловно, следует помнить о различиях в отношении видов-хозяев, схем отбора проб и географических регионов, а также об ограничениях, которые возникают из-за этого при интерпретации этих данных.Тем не менее, для Центральной Европы количество выполненных исследований относительно велико, и, похоже, нет разницы в уровнях обнаружения между сельскохозяйственными землями или городской средой по сравнению с природными заповедниками, поскольку в обоих типах областей уровень обнаружения выше, чем Наблюдалось 20% (таблица 1). Только в отдаленных районах, таких как Азорские острова или полуостров Камчатка, показатели ниже с примерно 1% ESBL- E. coli (Hernandez et al., 2010; Silva et al., 2011), что свидетельствует о возможном разбавляющем эффекте загрязнения диких животных ESBL- E. coli . Тем не менее наши собственные данные по хищным птицам из монгольской пустыни Гоби, района с самой низкой плотностью населения, показали, что показатели ESBL сопоставимы с ситуацией в Центральной Европе (Guenther et al., 2010c).

Таблица 1 . Присутствие бета-лактамаз расширенного спектра, продуцирующих E. coli , в дикой природе в хронологическом порядке согласно дате публикации .

Перспектива видов-хозяев

Общая информация о микробиоте диких птиц и грызунов скудна и ограничена отдельными видами как хозяевами определенных патогенов. E. coli — обычная желудочно-кишечная, но очень универсальная бактерия, которую можно разделить на непатогенные (комменсальные) и патогенные штаммы; последние вызывают кишечные или внекишечные заболевания у людей и животных (Johnson and Russo, 2002; Wirth et al., 2006).Повсеместное распространение E. coli обусловлено его бессимптомной колонизацией кишечника птиц и млекопитающих и, в свою очередь, его распространением в окружающей среде (Rwego et al., 2008; Schierack et al., 2008a). Степень колонизации сильно различается у разных видов птиц (Gordon and Cowling, 2003), и то же самое было показано для грызунов и мелких млекопитающих (Swiecicka et al., 2003; Guenther et al., 2010c). E. coli , скорее всего, будет изолирована от всеядных птиц и млекопитающих (Gordon and Cowling, 2003).Было обнаружено, что более 30 видов диких животных выделяют ESBL- E. coli , и большинство из них — птицы или грызуны (Таблица 1). Таким образом, на появление ESBL- E. coli явно влияет спектр хозяев E. coli и, кроме того, степень синантропного поведения, проявляемого видами животных-хозяев. Другими словами, животные, живущие в урбанизированных районах, с большей вероятностью являются носителями E. coli , чем животные, живущие в отдаленных районах (Allen et al., 2010; Bonnedahl, 2011).

Другие основные вопросы, касающиеся наличия ESBL- E. coli в образцах фекалий, до сих пор не решены. Поэтому в будущих исследованиях следует рассмотреть природу обилия этих мультирезистентных штаммов в фекалиях, чтобы выяснить, просто ли они выделяются в короткие сроки, представляют ли они временную или долгосрочную колонизацию кишечника животных бессимптомно или даже являются стойкими инфекциями.

При обзоре текущей литературы выясняется, что дикие птицы могут быть основными дикими животными-хозяевами для ESBL- E.coli . Такое впечатление создается потому, что большинство исследований проводилось на диких птицах; однако с учетом исследований с участием других диких животных, таких как олени, мелкие жвачные, мелкие и крупные хищники, зайцеобразные, рептилии и земноводные (Costa et al., 2006; Literak et al., 2009b), незначительное количество ESBL- Наблюдалась E. coli .

Из-за своего разнообразия экологических ниш и легкости улавливания человеческих и экологических бактерий дикие птицы могут действовать как зеркало человеческой деятельности.Внутри гетерогенного класса птиц две группы, по-видимому, находятся в центре распространения БЛРС в дикой природе: водоплавающие птицы / виды, связанные с водой (Poeta et al., 2008; Bonnedahl et al., 2009, 2010; Dolejska et al., 2009; Guenther et al., 2010b; Hernandez et al., 2010; Literak et al., 2010; Simoes et al., 2010; Garmyn et al., 2011; Wallensten et al., 2011) и хищных птиц (Costa et al. , 2006; Pinto et al., 2010; Radhouani et al., 2010; подробная информация о видах представлена ​​в таблице 1). Другие группы птиц, такие как воробьиные (Guenther et al., 2010a; Silva et al., 2011), по-видимому, реже переносят ESBL- E. coli , а иногда и вовсе не переносят (Silva et al., 2010). На это открытие могут повлиять различия в составе микробиоты и наличие E. coli среди этих разнообразных видов птиц. В недавнем исследовании мы смогли показать, что если E. coli можно выделить от разных видов птиц, то мультирезистентные клоны E. coli произошли от хищных или водоплавающих птиц (Guenther et al., 2010г). Другими зарегистрированными птицами-хозяевами были Совы (Коста и др., 2006; Пинто и др., 2010) и Вороны (Пинто и др., 2010), птицы, которые демонстрируют пищевое поведение, сопоставимое с хищными птицами.

В то время как преобладание водоплавающих птиц в спектре птичьих хозяев ESBL- E. coli можно объяснить фекальным загрязнением воды людьми или домашним скотом, сценарии передачи для другой основной группы — хищных птиц — кажутся более сложными. сложный. Поскольку хищные птицы находятся на вершине пищевой цепи, они могут накапливать ESBL- E.coli от их типичных жертв, таких как мыши и землеройки. Предположительно, из-за своего синантропного поведения они чаще контактируют с людьми или домашним скотом. Действительно, для мышей было показано, что близость к животноводческому хозяйству увеличивает скорость распространения мультирезистентной E. coli (Kozak et al., 2009). Хотя грызуны ранее были в центре внимания исследований ESBL в дикой природе (Gilliver et al., 1999; Kozak et al., 2009; Literak et al., 2009b; Guenther et al., 2010c), насколько нам известно ESBL- E.coli еще не обнаружены у грызунов, за исключением городских крыс (Guenther et al., 2010b; Ho et al., 2011).

Наши собственные данные из Германии показали очень низкую численность полирезистентной E. coli у грызунов и землероек, что указывает на то, что возможны другие группы добычи и пути передачи между экосферой, подверженной влиянию человека, и хищными птицами (Guenther et al., 2010c). Кроме того, многие виды птиц, у которых был положительный результат теста на ESBL- E.coli демонстрируют миграционное поведение, которое обеспечивает возможный механизм для создания новых эндемичных очагов на больших расстояниях от того места, где впервые был приобретен мультирезистентный микроорганизм (Bonnedahl, 2011).

Как упоминалось выше, другим важным хозяином ESBL- E. coli , по-видимому, является группа грызунов, а именно норвежские крысы и черные крысы, у которых имеются сообщения об изолятах, продуцирующих ESBL, с разных континентов (Literak et al., 2009a; Guenther et al., 2010b; Ho et al., 2011). Этот синантропный вид может легко собирать отходы жизнедеятельности человека и часто взаимодействует с человеческими фекалиями в канализационной системе в городских условиях и поэтому может легко приобретать бактерии с множественной устойчивостью. Интересно, что о диких кабанах также сообщалось в качестве хозяев ESBL- E. coli в Центральной Европе, что может отражать их всеядное поведение при кормлении (Literak et al., 2009b; Poeta et al., 2009). Другими млекопитающими, которые оказались положительными хозяевами бактерий, продуцирующих БЛРС, были олени и лисы (Costa et al., 2006). Совсем недавно появилось сообщение о морской рыбе, леще Gilthead Sea (Sousa et al., 2011) как переносчике ESBL- E. coli , что указывает на распространение ESBL- E. coli в Атлантику. океан.

Перспектива ферментов БЛРС

Параллельно с текущей ситуацией в медицине и ветеринарии, в типах бета-лактамаз расширенного спектра, обнаруженных у диких животных, явно преобладает генное семейство bla _CTX-M .За исключением одного исследования (Sousa et al., 2011), все исследования дикой природы идентифицировали гены bla _CTX-M в качестве основного фермента БЛРС. В 35% исследований дополнительно были обнаружены различные ферменты SHV. Как показано в таблице 1, в большинстве исследований сообщается о bla _CTX-M-1 , за которым следует bla _CTX-M-15 , bla _CTX-M-14 , bla _CTX-M-32 и bla _CTX-M-9 . Лишь изредка bla _CTX-M-2 , bla _CTX-M-13 , bla _CTX-M-55 и bla _CTX-M-65 (таблица 1).Помимо семейства bla _CTX-M , часто обнаруживались только bla _SHV-12 и bla _TEM-52 . Другими менее распространенными генами ESBL были bla _OXA-1 , bla _SHV-5 и bla _TEM-20 . Спектр различных типов ферментов, обнаруженных у диких животных, очень узок по сравнению с клиническими изолятами человеческого и ветеринарного происхождения (Pitout, 2010; Smet et al., 2010b).Хотя причина этого неизвестна, мы предлагаем следующие гипотезы: эти результаты могут просто отражать небольшое количество исследований, проведенных на дикой природе до настоящего времени, или они могут указывать на то, что определенные типы бета-лактамаз более успешны в окружающей среде, например из-за совместного отбора других генов нерезистентности, сопровождаемых этими бета-лактамазами. Другое объяснение может заключаться в том, что типы ESBL, обнаруженные у диких животных, просто отражают те, которые наиболее распространены в медицинских и ветеринарных клиниках и в животноводстве, такие как bla _CTX-M-1 или bla _{CTX- M-15} (Pitout, 2010; Smet et al., 2010b). Это может привести к предположению, что ситуация, которую мы наблюдаем у диких животных, просто представляет собой побочный эффект от клиник и животноводства. Если это было правдой, то в будущих исследованиях, по-видимому, должно быть обнаружено увеличение числа этих пандемических типов CTX-M-15, примером которых являются клональные линии E. coli ST131 и ST648. В нескольких исследованиях было обнаружено сходство общих профилей резистентности изолятов диких животных с клиническими изолятами человека или ветеринара, что подтверждает эту гипотезу (Costa et al., 2008; Literak et al., 2009b; Guenther et al., 2010d). Наиболее распространенным фенотипом нерезистентности к БЛРС у диких животных E. coli является устойчивость к стрептомицину, ампициллину и тетрациклину. Эта модель также очень распространена в популяциях людей и домашнего скота в Европе (Van Den Bogaard et al., 2000; Guerra et al., 2003). Как упоминалось выше, типы генов ESBL в основном одинаковы у людей, домашнего скота и диких животных, что подтверждает гипотезу о том, что изоляты диких животных похожи на изоляты, обнаруженные у животных и людей.Однако, поскольку распространение генов ESBL в значительной степени обусловлено горизонтальным переносом генов через плазмиды, возникновение идентичных генов ESBL также может быть основано на распространении плазмид ESBL, которые случайным образом распределены в окружающей среде. Таким образом, раскрытие основы распространения ESBL- E. coli на дикую природу должно включать как характеристику клональной природы бактериальных штаммов, выделенных от разных хозяев, так и точную идентификацию генов ESBL и их эписомальных данных. или хромосомная локализация.

Зоонозная потенциальная перспектива

Что касается основного вопроса о зоонозном потенциале E. coli , полезно обратиться к популяционной генетике этого вида бактерий. Помимо сравнительного анализа всего генома бактерий, это также можно сделать с помощью других подходов, таких как многолокусное типирование последовательностей (MLST). Хотя он основан только на небольшом наборе маркерных генов, этот метод, по-видимому, отражает микроэволюцию основного генома E. coli .В целом, анализ MLST выявил существование штаммов, принадлежащих к идентичным типам последовательностей (ST) и изолированных от разных хозяев, что является скорее правилом, чем исключением. Это указывает на общую филогению и, следовательно, на зоонозный потенциал большинства проанализированных штаммов (Wirth et al., 2006). Действительно, несколько исследовательских групп обнаружили кластеры E. coli , вызывающие системные инфекции у птиц, инфекции мочевыводящих путей и неонатальный менингит у людей, которые генетически настолько похожи, что можно предположить зоонозный потенциал (Johnson and Russo, 2002; Ewers et al. al., 2007; Moulin-Schouleur et al., 2007). Пока количество ESBL- E. coli из дикой природы в этой глобальной базе данных довольно ограничено. Однако, если одни и те же кластеры E. coli могут вызывать заболевание у людей и домашних птиц, сценарии их передачи становятся важными, и такие пути передачи действительно являются вероятным механизмом передачи ESBL- E. coli от человека к диким птицам. наоборот.

Чтобы ответить на вопрос о сходстве клинических проявлений человека, домашнего скота, домашних животных и диких животных ESBL- E.coli нам необходимо получить представление о клональном родстве изолятов из всех этих групп. Первоначальный MLST в сочетании с гель-электрофорезом в импульсном поле (PFGE) является идеальным инструментом для выявления клонального родства или даже клональной идентичности эпидемиологически неродственных изолятов. Эта попытка была выдвинута в небольшом количестве исследований на диких птицах, во всех четко указывается, что аналогичные ST или клональные группы присутствуют у людей, домашних животных и диких птиц (Bonnedahl et al., 2009, 2010; Guenther et al. ., 2010a; Эрнандес и др., 2010; Simoes et al., 2010). В целом, у диких птиц ESBL- E. coli было обнаружено до 35 различных ST (Таблица 1; Рисунок 1). Хотя некоторые из «птичьих» ST появлялись дважды в различных исследованиях дикой природы, таких как ST746 (Bonnedahl et al., 2009; Hernandez et al., 2010), и еще не были обнаружены в клинических образцах людей, большинство ST обнаружено у птиц. ESBL- E. coli , такой как ST131, ST10, ST90, ST648 или ST69, также присутствует в клинических изолятах человека.

Рис. 1. Минимальное остовное дерево (MSTree) типов последовательностей человека, домашних животных и диких животных, известных для получения ESBL, на основе данных базы данных MLST (http://mlst.ucc.ie/mlst/dbs/Ecoli ; n = 288 изолятов, идентифицируемых как БЛРС, октябрь 2011 г.), ранее опубликованные статьи с клиническими данными о людях (Minarini et al., 2007; Yumuk et al., 2008; Blanco et al., 2009; Hrabak et al., 2009). ; Naseer et al., 2009; Oteo et al., 2009; Сузуки и др., 2009; Valverde et al., 2009; Коэльо и др., 2010; Cortes et al., 2010; Пейрано и др., 2010; Смет и др., 2010а; Зонг и Ю, 2010; Бен Слама и др., 2011; Джамджян и др., 2011; Леверштейн-Ван Холл и др., 2011; Мшана и др., 2011; Ван Дер Бидж и др., 2011; Woerther et al., 2011) и данные о дикой природе, приведенные в таблице 1 . Красный: изоляты человека, зеленый: домашние животные, желтый: дикая природа, серый цвет с недостаточной проработкой: комплексы последовательностей, рассчитанные с помощью Bionumerics 6.6 (Applied Maths, Бельгия).

На рисунке 1 показано минимальное остовное дерево (MSTree), отображающее ESBL – ST человека, домашних животных и диких животных на основе данных базы данных MLST по состоянию на октябрь 2011 г. и текущей литературы по изолятам ESBL- человека и животных E. coli , обеспечивающим Данные MLST (Minarini et al., 2007; Yumuk et al., 2008; Blanco et al., 2009; Hrabak et al., 2009; Naseer et al., 2009; Oteo et al., 2009; Sidjabat et al., 2009; Suzuki et al., 2009; Valverde et al., 2009; Coelho et al., 2010; Doi et al., 2010; Пейрано и др., 2010; Смет и др., 2010а; Зонг и Ю, 2010; Бен Слама и др., 2011; Джамджян и др., 2011; Леверштейн-Ван Холл и др., 2011; Мшана и др., 2011; Ван Дер Бидж и др., 2011; Woerther et al., 2011). В MSTree каждый кружок представляет собой ST, и размер кружка пропорционален количеству изолятов ESBL- E. coli , принадлежащих к этому ST. Здесь становится удивительно ясно, что ESBL- E. coli из дикой природы, домашних животных и человека имеют идентичные ST, что свидетельствует о межвидовой передаче филогенетически родственных мультирезистентных штаммов.Эта гипотеза дополнительно подкрепляется обнаружением появляющейся во всем мире клональной группы E. coli , обозначенной как B2-O25b: h5-ST131, у человека (Nicolas-Chanoine et al., 2008), в ветеринарных клинических условиях (Ewers et al. , 2010), а также у сизой крылатой чайки на Камчатке (Hernandez et al., 2010).

В другом исследовании (Bonnedahl et al., 2010) на юге Швеции было обнаружено ESBL- E. coli нескольких новых ST, включая ST1646, который тесно связан с ST648, который ранее также обнаруживался у диких птиц в Германии (Guenther et al., 2010a) и у людей в Африке, Азии и США (Doi et al., 2010; Zong and Yu, 2010). Интересно, что ST648 был обнаружен как один из ST, связанных с переносом недавно появившейся карбапенемазы NDM-1, что подчеркивает непредвиденные последствия проникновения определенных мультирезистентных клонов в популяции диких птиц (Mushtaq et al., 2011).

Как упоминалось выше, в настоящее время существует три исследования, которые предоставляют доказательства частой встречаемости ESBL- E.coli у крыс (Literak et al., 2009a; Guenther et al., 2010b; Ho et al., 2011). Однако сравнительные данные о клональном родстве этих изолятов и людей или домашних животных, оцененные с помощью MLST или PFGE, ограничиваются только одним исследованием (Guenther et al., 2010b). Здесь был обнаружен ESBL- E. coli от крысы, принадлежащей к пандемическому клону B2-O25b: h5-ST131, что может указывать на прямую передачу от фекалий человека крысе в городской канализационной системе.

Заключение

Текущие данные по ESBL- E.coli у диких животных показывает, что носительство этих мультирезистентных штаммов широко распространено по крайней мере в некоторых диких популяциях, таких как водоплавающие птицы, хищные птицы и грызуны, хотя они никогда не подвергались постоянному воздействию антибиотиков. Это явно подрывает предположение о том, что резистентность будет снижаться без лечения только антибиотиками. В нем подчеркивается очень сложный характер распространения устойчивости к противомикробным препаратам, которая также уже была отмечена в отношении устойчивости к не-бета-лактамам в популяциях людей в отдаленных районах Южной Америки (Pallecchi et al., 2007; Бартолони и др., 2009).

Источники устойчивости и механизмы отбора, ответственные за поддержание высокой распространенности устойчивости, в значительной степени неизвестны и поэтому требуют более тщательного рассмотрения (Gilliver et al., 1999). Частая встречаемость ESBL- E. coli в дикой природе, особенно среди птиц-хозяев, имеет несколько последствий. Во-первых, дикая природа может служить резервуаром окружающей среды и плавильным котлом устойчивости бактерий. Во-вторых, принимая во внимание зоонозный потенциал E.coli и сопутствующее наблюдение, что ESBL- E. coli дикого происхождения в основном такие же, как и те, которые обнаружены в клинических изолятах, они также могут повторно инфицировать человеческие популяции. Птичий помет повсеместно присутствует в городских и сельских районах, и нельзя недооценивать заражение людей мазками птичьего помета. Многие виды птиц, в том числе те, которые уже были идентифицированы как носители ESBL- E. coli , демонстрируют значительную мобильность, часто предполагающую пересечение континентов.Точно так же, как явление миграции птиц создает потенциал для создания новых эндемических очагов болезни вдоль их маршрутов, как это было замечено в отношении вируса Западного Нила в США (Reed et al., 2003), бактерии, устойчивые к противомикробным препаратам, могут также переноситься птицами-хозяевами на большие расстояния. Таким образом, миграция птиц может способствовать распространению сопротивления по всему земному шару, как это ранее наблюдалось у путешественников (Peirano et al., 2011). Можно подумать, что это незначительное воздействие по сравнению с путешествиями людей, но мы должны помнить, что в отличие от человеческой популяции здесь нет канализационной системы для птичьих фекалий, и поэтому помет напрямую подвергается воздействию окружающей среды, а также человека. и популяция животных.

Мобильность птиц и распространение ESBL- E. coli также может иметь непредсказуемые последствия из-за возможных взаимодействий этих птиц с бактериальными экосистемами окружающей среды в отдаленных районах, куда попадают в основном мигрирующие птицы. Мы должны помнить, что роль противомикробных веществ или их предков в природных экосистемах, таких как почва, значительно отличается от их антиинфекционной функции в клинических условиях. Это, в свою очередь, означает, что на перекрестные помехи бактериальных сообществ в хрупких экосистемах может сильно повлиять проникновение мультирезистентных бактерий (Allen et al., 2010).

В будущих исследованиях следует выяснить, может ли ESBL- E. coli сохраняться в окружающей среде или циркулировать среди животных в течение длительных периодов времени и, таким образом, может распространяться дикой природой и другими переносчиками. Пандемическое распространение определенных линий ESBL- E. coli в окружающую среду подчеркивает сложность распространения устойчивости к противомикробным препаратам. Как предполагалось ранее, необходимы тщательные пространственные и временные исследования устойчивости к противомикробным препаратам в различных естественных средах обитания (Gilliver et al., 1999; Hernandez et al., 2010), чтобы полностью понять важность дикой природы как источника устойчивости к противомикробным препаратам.

Заявление о конфликте интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могут быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Благодарности

Мы благодарим Э. М. Антао за исправления рукописи и Т. Семмлера за помощь в вычислении MSTree.Исследования нашей группы, упомянутые в этой работе, были поддержаны Федеральным министерством образования и исследований по сетевым зоонозам (FBI-Zoo, грант № 01KI1012A), Немецким исследовательским фондом (DFG-GRK1673 / 1 A1, DFG SFB 852/1 A3). Себастьян Гюнтер финансировался за счет гранта AIF KF2267301MD9.

Сноски

Список литературы

Аллен, Х. К., Донато, Дж., Ван, Х. Х., Клауд-Хансен, К. А., Дэвис, Дж., И Хандельсман, Дж. (2010). Зов дикой природы: гены устойчивости к антибиотикам в естественной среде. Nat. Rev. Microbiol. 8, 251–259.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Арпин, К., Дюбуа, В., Модейн, Дж., Джуллин, Дж., Дутиль, Б., Броше, Ж.-П., Ларрибет, Г., Фишер, И., и Квентин, К. ( 2005). Клинический и молекулярный анализ энтеробактерий, продуцирующих бета-лактамазы расширенного спектра действия, в условиях сообщества. J. Clin. Microbiol. 43, 5048–5054.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Бартолони, А., Pallecchi, L., Rodriguez, H., Fernandez, C., Mantella, A., Bartalesi, F., Strohmeyer, M., Kristiansson, C., Gotuzzo, E., Paradisi, F., and Rossolini, GM (2009). Устойчивость к антибиотикам в очень отдаленной общине Амазонки. Внутр. J. Antimicrob. Агенты 33, 125–129.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Бен Слама, К., Бен Саллем, Р., Джуини, А., Рашид, С., Мусса, Л., Саенс, Ю., Эстепа, В., Сомало, С., Будабус, А., и Торрес , С.(2011). Разнообразие генетических линий CTX-M-15 и CTX-M-14, продуцирующих штаммов Escherichia coli в тунисской больнице. Curr. Microbiol. 62, 1794–1801.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Бернар, Х., Танкреде, К., Ливрелли, В., Моран, А., Бартелеми, М., и Лабиа, Р. (1992). Новая плазмидно-опосредованная бета-лактамаза расширенного спектра действия, не полученная из ферментов типа ТЕМ или SHV. J. Antimicrob. Chemother. 29, 590–592.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Biohaz. (2011). Группа EFSA по биологическим опасностям, научное заключение о рисках для здоровья населения, связанных с бактериальными штаммами, продуцирующими бета-лактамазы расширенного спектра и / или бета-лактамазы AmpC, у животных пищевых продуктов и продуктов питания. EFSA J. 9, 2322–2417.

Бланко, М., Алонсо, М. П., Николя-Чаноин, М.-Х., Дахби, Г., Мора, А., Бланко, Дж. Э., Лопес, К., Cortes, P., Llagostera, M., Leflon-Guibout, V., Puentes, B., Mamani, R., Herrera, A., Coira, MA, Garcia-Garrote, F., Pita, JM, and Blanco , Дж. (2009). Молекулярная эпидемиология Escherichia coli , продуцирующей бета-лактамазы расширенного спектра, в Луго (Испания): распространение клона O25b: h5-ST131, продуцирующего CTX-M-15. J. Antimicrob. Chemother. 63, 1135–1141.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Боннедаль, Дж.(2011). Устойчивость энтеробактерий диких птиц к антибиотикам . Упсала: Acta Universitatis Upsaliensis.

Боннедаль, Дж., Дробни, М., Готье-Клерк, М., Эрнандес, Дж., Гранхольм, С., Кайзер, Ю., Мельхус, А., Калметер, Г., Вальденстрем, Дж., Йоханссон, А., и Олсен, Б. (2009). Распространение Escherichia coli с БЛРС типа CTX-M между людьми и желтоногими чайками на юге Франции. PLoS ONE 4, e5958. DOI: 10,1371 / журнал.pone.0005958

CrossRef Полный текст

Боннедаль, Дж., Дробни, П., Йоханссон, А., Эрнандес, Дж., Мелхус, А., Стедт, Дж., Олсен, Б., и Дробни, М. (2010). Характеристика и сравнение клинических людей и черноголовых чаек ( Larus ridibundus ) изолятов бактерий расширенного спектра, продуцирующих бета-лактамазы, из Кальмара, на юго-восточном побережье Швеции. J. Antimicrob. Chemother. 65, 1939–1944.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Брэдфорд, П.А. (2001). Бета-лактамазы с расширенным спектром действия в 21 веке: характеристика, эпидемиология и обнаружение этой важной угрозы устойчивости. Clin. Microbiol. Ред. 14, 933–951.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Буш К., Якоби Г. А. и Медейрос А. А. (1995). Схема функциональной классификации бета-лактамаз и ее корреляция со структурой молекулы. Антимикробный. Агенты Chemother. 39, 1211–1233.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст

Кантон, Р., Новаис, А., Вальверде, А., Мачадо, Э., Пейше, Л., Бакеро, Ф., и Коке, Т. М. (2008). Распространенность и распространение Enterobacteriaceae, продуцирующих бета-лактамазы расширенного спектра действия, в Европе. Clin. Microbiol. Заразить. 14, 144–154.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Караттоли, А., Ловари, С., Франко, А., Кордаро, Г., Ди Маттео, П.и Баттисти А. (2005). Бета-лактамазы расширенного спектра в Escherichia coli , выделенные от собак и кошек в Риме, Италия, с 2001 по 2003 год. Антимикроб. Агенты Chemother. 49, 833–835.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Коэльо, А., Мора, А., Мамани, Р., Лопес, К., Гонсалес-Лопес, Дж. Дж., Ларроса, Миннесота, Кинтеро-Сарате, Дж. Н., Дахби, Г., Эррера, А., Бланко, Дж. Э. , Бланко, М., Алонсо, депутат, Пратс, Г., и Бланко, Дж.(2010). Распространение Escherichia coli O25b: h5-B2-ST131, продуцирующее CTX-M-15 и SHV-12 с высоким содержанием гена вирулентности в Барселоне (Испания). J. Antimicrob. Chemother 66, 517–526.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Коул, Д., Драм, Д. Дж., Сталкнехт, Д. Э., Уайт, Д. Г., Ли, М. Д., Эйерс, С., Собси, М., и Маурер, Дж. Дж. (2005). Свободноживущие канадские гуси и устойчивость к противомикробным препаратам. Emerg. Заразить. Дис. 11, 935–938.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст

Коке, Т. М., Бакеро, Ф., и Кантон, Р. (2008). Растущая распространенность энтеробактерий, продуцирующих БЛРС, в Европе. евро Surveill. 13, 1–11.

Кортес, П., Блан, В., Мора, А., Дахби, Г., Бланко, Дж. Э., Бланко, М., Лопес, К., Андреу, А., Наварро, Ф., Алонсо, депутат, Боу , Г., Бланко, Дж., И Ллагостера, М. (2010). Выделение и характеристика потенциально патогенных устойчивых к антимикробным препаратам штаммов Escherichia coli из птицефабрик и свиноферм в Испании. заявл. Environ. Microbiol. 76, 2799–2805.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Коста, Д., Поэта, П., Саенс, Ю., Вину, Л., Коэльо, А.С., Матос, М., Рохо-Безарес, Б., Родригес, Дж., И Торрес, К. (2008) . Механизмы устойчивости к антибиотикам у изолятов Escherichia coli , выделенных от диких животных. Microb. Устойчивость к наркотикам. 14, 71–77.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Коста, Д., Поэта, П., Саенс, Ю., Вину, Л., Рохо-Безарес, Б., Джоуини, А., Заразага, М., Родригес, Дж., И Торрес, К. (2006). Обнаружение Escherichia coli , несущих бета-лактамазы расширенного спектра классов CTX-M, TEM и SHV, в образцах фекалий диких животных в Португалии. J. Antimicrob. Chemother. 58, 1311–1312.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

DANMAP. (2007). Использование противомикробных агентов и возникновение устойчивости к противомикробным препаратам у бактерий из пищевых продуктов, животных, продуктов питания и людей в Дании .Копенгаген: DANMAP.

Д’Коста, В.М., Кинг, СЕ, Калан, Л., Морар, М., Сунг, В.В., Шварц, К., Фрозе, Д., Зазула, Г., Калмельс, Ф., Дебрюйн, Р., Голдинг, Г.Б., Пойнар, Г.Н., и Райт, Г.Д. (2011). Устойчивость к антибиотикам древняя. Природа 477, 457–461.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Джамджян, Л., Наас, Т., Танде, Д., Кузон, Г., Ханротель-Салиу, К., и Нордманн, П. (2011). CTX-M-93, вариант CTX-M, лишенный гидролитической активности пенициллина. Антимикробный. Агенты Chemother. 55, 1861–1866.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Дои, Ю., Патерсон, Д.Л., Эгеа, П., Паскуаль, А., Лопес-Сереро, Л., Наварро, доктор медицины, Адамс-Хадуч, Дж. М., Куреши, З.А., Сиджабат, Х.Э, и Родригес-Бано, Дж. (2010). Escherichia coli , продуцирующая бета-лактамазу расширенного спектра и CMY-типа, в клинических образцах и розничном мясе из Питтсбурга, США, и Севильи, Испания. Clin.Microbiol. Заразить. 16, 33–38.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Долейска М., Биросова Б., Кохутова Л., Литерак И. и Цижек А. (2009). Устойчивые к антибиотикам изоляты Salmonella и Escherichia coli с интегронами и бета-лактамазами расширенного спектра действия в поверхностных водах и симпатрических черноголовых чаек. J. Appl. Microbiol. 106, 1941–1950.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Долейска, М., Чижек, А., Литерак, И. (2007). Высокая распространенность генов и интегронов устойчивости к противомикробным препаратам в изолятах Escherichia coli от черноголовых чаек в Чешской Республике. J. Appl. Microbiol. 103, 11–19.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Эверс, К., Гроббель, М., Бете, А., Вилер, Л. Х., и Гюнтер, С. (2011). Грамотрицательные бактерии, продуцирующие бета-лактамазы расширенного спектра действия, у домашних животных: действие явно оправдано! Берл.Жевать. Tierarztl. Wochenschr. 124, 10–17.

Эверс, К., Гроббель, М., Штамм, И., Копп, П.А., Диль, И., Семмлер, Т., Фрут, А., Бейтлих, Дж., Герра, Б., Вилер, Л.Х., и Гюнтер, С. (2010). Появление пандемии человека O25: h5-ST131 CTX-M-15, продуцирующего бета-лактамазу расширенного спектра Escherichia coli среди домашних животных. J. Antimicrob. Chemother. 65, 651–660.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Эверс, К., Гюнтер, С., Вилер, Л. Х., и Ширак, П. (2009). Утки кряквы — вид водоплавающих птиц с высоким риском распространения патогенных для человека Escherichia coli . Environ. Microbiol. Реп. 1, 510–517.

CrossRef Полный текст

Эверс, К., Ли, Г., Уилкинг, Х., Кисслинг, С., Альт, К., Антао, Э.М., Латурн, К., Диль, И., Глодде, С., Хомейер, Т., Бонке, У., Стейнрук, Х., Филипп, Х.С., и Вилер, Л.Х. (2007). Птичий патогенный, уропатогенный и вызывающий менингит новорожденных Escherichia coli : насколько они связаны между собой? Внутр.J. Med. Microbiol. 297, 163–176.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Фаллакара, Д. М., Монахан, К. М., Моришита, Т. Ю., и Вак, Р. Ф. (2001). Выделение фекалий и чувствительность к противомикробным препаратам отдельных бактериальных патогенов и исследование кишечных паразитов у свободноживущих водоплавающих птиц. Avian Dis. 45, 128–135.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Ферия, С., Феррейра, Э., Коррейя, Дж. Д., Гонсалвес, Дж., И Каника, М. (2002). Паттерны и механизмы устойчивости к бета-лактамам и ингибиторам бета-лактамаз у уропатогенной Escherichia coli , выделенной от собак в Португалии. J. Antimicrob. Chemother. 49, 77–85.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Гармин, А., Хезебрук, Ф., Хеллебюк, Т., Смет, А., Пасманс, Ф., Бутай, П., и Мартель, А. (2011). Наличие у диких гусей продуцирующей бета-лактамазы расширенного спектра действия Escherichia coli . J. Antimicrob. Chemother. 66, 1643–1644.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Гилливер М.А., Беннетт М., Бегон М., Хейзел С.М. и Харт К.А. (1999). Устойчивость к антибиотикам обнаружена у диких грызунов. Природа 401, 233–234.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Gionechetti, F., Zucca, P., Gombac, F., Monti-Bragadin, C., Lagatolla, C., Tonin, E., Edalucci, E., Витали, Л. А., и Дользани, Л. (2008). Характеристика устойчивости к противомикробным препаратам и интегронов класса 1 у Enterobacteriaceae, выделенных из средиземноморских сельдевых чаек ( Larus cachinnans ). Microb. Устойчивость к наркотикам. 14, 93–99.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Гнядковский, М., Шнайдер, И., Палуха, А., Юнгвирт, Р., Микевич, Б., и Бауэрнфейнд, А. (1998). Устойчивые к цефотаксиму изоляты Enterobacteriaceae из больницы в Варшаве, Польша: идентификация новой бета-лактамазы, гидролизующей цефотаксим CTX-M-3, которая тесно связана с ферментом CTX-M-1 / MEN-1. Антимикробный. Агенты Chemother. 42, 827–832.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст

Голдберг, Т. Л., Гиллеспи, Т. Р., Рвего, И. Б., Эстофф, Е. Л., и Чепмен, К. А. (2008). Фрагментация лесов как причина передачи бактерий среди нечеловеческих приматов, людей и домашнего скота, Уганда. Emerg. Заразить. Дис. 14, 1375–1382.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Гринвуд, Д.(2000). Антимикробная химиотерапия . Нью-Йорк: Издательство Оксфордского университета.

Guenther, S., Grobbel, M., Beutlich, J., Bethe, A., Friedrich, ND, Goedecke, A., Luebke-Becker, A., Guerra, B., Wieler, LH, and Ewers, C. . (2010a). CTX-M-15-тип бета-лактамаз расширенного спектра, продуцирующий Escherichia coli из диких птиц в Германии. Environ. Microbiol. Rep. 2, 641–645.

CrossRef Полный текст

Гюнтер, С., Grobbel, M., Beutlich, J., Guerra, B., Ulrich, R.G., Wieler, L.H., and Ewers, C. (2010b). Обнаружение пандемии B2-O25-ST131 Escherichia coli , несущей тип бета-лактамазы расширенного спектра CTX-M-9, у одичавших городских бурых крыс ( Rattus norvegicus ). J. Antimicrob. Chemother. 65, 582–584.

CrossRef Полный текст

Гюнтер С., Гроббель М., Хайдеманс К., Шлегель М., Ульрих Р. Г., Эверс К. и Вилер Л. Х. (2010c).Первые сведения об устойчивости к противомикробным препаратам среди фекальных изолятов Escherichia coli от мелких диких млекопитающих в сельской местности. Sci. Total Environ. 408, 3519–3522.

CrossRef Полный текст

Гюнтер С., Гроббель М., Любке-Беккер А., Годеке А., Фридрих Н. Д., Вилер Л. Х. и Эверс К. (2010d). Профили устойчивости к противомикробным препаратам Escherichia coli из общеевропейских видов диких птиц. Вет. Microbiol. 144, 219–225.

CrossRef Полный текст

Герра Б., Юнкер Э., Шрётер А., Малорни Б., Леманн С. и Гельмут Р. (2003). Фенотипическая и генотипическая характеристика устойчивости к противомикробным препаратам в немецких изолятах Escherichia coli крупного рогатого скота, свиней и птиц. J. Antimicrob. Chemother. 52, 489–492.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Хоуки, П. М., и Джонс, А. М. (2009).Меняющаяся эпидемиология устойчивости. J. Antimicrob. Chemother. 64, 3–10.

CrossRef Полный текст

Эрнандес, Дж., Боннедаль, Дж., Элиассон, И., Валленстен, А., Комстедт, П., Йоханссон, А., Гранхольм, С., Мелхус, А., Ольсен, Б., и Дробни, М. . (2010). Глобально распространенный патогенный человеческий организм Escherichia coli клона O25b-ST131, несущий blaCTX-M-15, обнаружен у сизокрылой чайки на удаленных Командорских островах, Россия. Environ.Microbiol. Rep. 2, 329–332.

CrossRef Полный текст

Хо, П. Л., Чоу, К. Х., Лай, Э. Л., Ло, В. У., Юнг, М. К., Чан, Дж., Чан, П. Ю., Юн, К. Ю. (2011). Широкое распространение CTX-M-продуцента Escherichia coli с множественной лекарственной устойчивостью к «критически важным» антибиотикам среди пищевых животных в Гонконге, 2008-10 гг. J. Antimicrob. Chemother. 66, 765–768.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Грабак, Дж., Эмпель, Дж., Бергерова, Т., Файфрлик, К., Урбаскова, П., Керн-Зданович, И., Гриневич, В., и Гнядковски, М. (2009). Международные клоны Klebsiella pneumoniae и Escherichia coli с бета-лактамазами расширенного спектра в чешской больнице. J. Clin. Microbiol. 47, 3353–3357.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Хантер, П. А., Доусон, С., Френч, Г. Л., Гуссенс, Х., Хоуки, П. М., Куиджпер, Э.Дж., Натвани, Д., Тейлор, Д. Дж., Тил, К. Дж., Уоррен, Р. Э., Уилкокс, М. Х., Вудфорд, Н., Вульф, М. У., и Пиддок, Л. Дж. (2010). Патогены, устойчивые к противомикробным препаратам, у животных и человека: назначение, практика и политика. J. Antimicrob. Chemother. 65 (Приложение 1), i3 – i17.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Канаи, Х., Хашимото, Х. и Мицухаши, С. (1981). Лекарственная устойчивость и конъюгативные R-плазмиды в штаммах Escherichia coli , выделенных от диких птиц (японские древесные воробьи, зеленые фазаны и бамбуковые куропатки). Jpn. Пульт. Sci. 18, 234–239.

CrossRef Полный текст

Китцис, М. Д., Биллот-Кляйн, Д., Гольдштейн, Ф. В., Уильямсон, Р., Тран Ван Нье, Г., Карлет, Дж., Акар, Дж. Ф., и Гутманн, Л. (1988). Распространение новой плазмид-опосредованной бета-лактамазы CTX-1, которая придает устойчивость к цефалоспоринам широкого спектра действия и ее ингибирование ингибиторами бета-лактамаз. Антимикробный. Агенты Chemother. 32, 9–14.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст

Козак, Г.К., Бурлин, П., Янеко, Н., Рид-Смит, Р. Дж., И Джардин, К. (2009). Устойчивость к противомикробным препаратам изолятов Escherichia coli от свиней и диких мелких млекопитающих вблизи свиноводческих ферм и в естественной среде в Онтарио, Канада. заявл. Environ. Microbiol. 75, 559–566.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Leverstein-Van Hall, M.A., Dierikx, C.M., Cohen Stuart, J., Voets, G.M., Van Den Munckhof, M.П., Ван Эссен-Зандберген, А., Платтил, Т., Флюит, AC, Ван Де Сандэ-Брюинсма, Н., Шаринга, Дж., Бонтен, MJM, Мевиус, DJ, National, ESG, Andriesse, G. , Арендс, JP, Бернардс, ST, Бонтен, MJM, Де Браувер, EIGB, Buiting, AGM, Коэн Стюарт, JW, Ван Дам, AP, Дидерен, BMW, Дориго-Зетсма, JW, Флир, А., Флюит, AC , Van Griethuysen, A., Grundmann, H., Hendrickx, BGA, Horrevorts, AM, Kluytmans, JAJW, Leverstein-Van Hall, MA, Mascini, E.М., Моффи, Б., Де Нилинг, А.Дж., Платтил, Т.Н., Саббе, LJM, Ван Де Санде, Н., Шапендонк, К.М., Шарринга, Дж., Шеллекенс, Дж.Ф.П., Себенс, В., Стальс, Ф.С., Sturm, P., Thijssen, SFT, Tjhie, JT, Verhoef, L., Vlaminckx, BJM, Voets, GM, Vogels, WHM, Vreede, RW, Waar, K., Wever, PC, Wintermans, RGF, Wolfhagen, MJHM , Коэн Стюарт, Дж. У., Шарринга, Дж., Шапендонк, С. М., Платтил, Т. Н., Ван Дам, А. П., Андриесс, Г., Клюйтманс, Дж. Эй-Эй, Фрид, Р.W., Sebens, FW, Sabbe, LJM, Schellekens, JFP, Grundmann, H., Dorigo-Zetsma, JW, Vlaminckx, BJM, Horrevorts, AM, Sturm, P., Stals, FS, Wintermans, RGF, Moffie, BG , Hendrickx, BGA, Buiting, AGM, Verhoef, L., Tjhie, HT, Wolfhagen, MJHM, Diederen, BMW, Thijssen, SFT, Mascini, EM, Van Griethuysen, A., Bosch, D., Wever, PC, Fleer , A., De Brauwer, EIGB, Bernards, AT, Leverstein-Van Hall, MA, De Sande-Bruinsma, N., и De Neeling, A.J. (2011). Голландские пациенты, куриное мясо и птица в розничной торговле имеют одни и те же гены, плазмиды и штаммы БЛРС. Clin. Microbiol. Заразить. 17, 873–880.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Лиллехауг, А., Бергсьо, Б., Шау, Дж., Брюхайм, Т., Викорен, Т., и Ханделанд, К. (2005). Campylobacter spp., Salmonella spp., Вероцитотоксический Escherichia coli и устойчивость к антибиотикам индикаторных организмов у диких цервид. Acta Vet. Сканд. 46, 23–32.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Literak, I., Dolejska, M., Cizek, A., Djigo, C.A.T., Konecny, A., and Koubek, P. (2009a). Резервуары устойчивых к антибиотикам Enterobacteriaceae среди симпатичных человеку животных в Сенегале: бета-лактамазы расширенного спектра действия у бактерий у черной крысы ( Rattus rattus ) Afr. J. Microbiol. Res. 3, 751–754.

Литерак, И., Долейска, М., Радимерский, Т., Климс, Дж., Фридман, М., Аарструп, Ф. М., Хасман, Х., и Цизек, А. (2009b). Устойчивые к противомикробным препаратам фекалии Escherichia coli у диких млекопитающих в Центральной Европе: мультирезистентные Escherichia coli , продуцирующие бета-лактамазы расширенного спектра действия у диких кабанов. J. Appl. Microbiol. 108, 1702–1711.

CrossRef Полный текст

Literak, I., Dolejska, M., Janoszowska, D., Hrusakova, J., Meissner, W., Rzyska, H., Бзома, С., и Чижек, А. (2010). Устойчивые к антибиотикам бактерии Escherichia coli , включая штаммы с генами, кодирующими бета-лактамазу расширенного спектра и QnrS, у водоплавающих птиц на побережье Балтийского моря в Польше. заявл. Environ. Microbiol. 76, 8126–8134.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Литерак И., Ванко Р., Долейска М., Цижек А. и Карпискова Р. (2007). Устойчивые к антибиотикам Escherichia coli и Salmonella у русских грачей ( Corvus frugilegus ), зимующих в Чехии. Lett. Прил. Microbiol. 45, 616–621.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Ливермор, Д.М., Кантон, Р., Гнядковски, М., Нордманн, П., Россолини, Г.М., Арлет, Г., Аяла, Дж., Коке, Т.М., Керн-Зданович, И., Луццаро, Ф., Пойрел Л. и Вудфорд Н. (2007). CTX-M: изменение облика БЛРС в Европе. J. Antimicrob. Chemother. 59, 165–174.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Ливермор, Д.М., Уорнер, М., Холл, Л. М., Энне, В. И., Проян, С. Дж., Данман, П. М., Вустер, С. Л., и Харрисон, Г. (2001). Устойчивость к антибиотикам у бактерий сорок ( Pica pica ) и кроликов ( Oryctolagus cuniculus ) из западного Уэльса. Environ. Microbiol. 3, 658–661.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Мартинес, Дж. Л. (2009a). Загрязнение окружающей среды антибиотиками и детерминантами устойчивости к антибиотикам. Environ. Загрязнение. 157, 2893–2902.

CrossRef Полный текст

Мартинес, Дж. Л. (2009b). Роль естественной среды в развитии признаков устойчивости патогенных бактерий. Proc. Биол. Sci. 276, 2521–2530.

CrossRef Полный текст

Миддлтон, Дж. Х., и Амброуз, А. (2005). Подсчет и характер устойчивости к антибиотикам фекальных индикаторных организмов, выделенных из мигрирующих канадских казарок ( Branta canadensis ). J. Wildl. Дис. 41, 334–341.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст

Минарини, Л. А. Р., Камарго, И. Л. Б., Питондо-Силва, А., и Дарини, А. Л. С. (2007). Мультилокусное типирование последовательностей уропатогенных БЛРС Escherichia coli , выделенных в бразильском сообществе. Curr. Microbiol. 55, 524–529.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Мулен-Шулёр, М., Reperant, M., Laurent, S., Bree, A., Mignon-Grasteau, S., Germon, P., Rasschaert, D., and Schouler, C. (2007). Внекишечные патогенные штаммы Escherichia coli птичьего и человеческого происхождения: связь между филогенетическими отношениями и общими паттернами вирулентности. J. Clin. Microbiol. 45, 3366–3376.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Мшана, С.Э., Имирзалиоглу, Ч., Хайн, Т., Доманн, Э., Лямуя, Э. Ф., и Чакраборти, Т.(2011). Множественные клональные комплексы ST с преобладанием ST131 из Escherichia coli , несущие blaCTX-M-15, в больнице третичного уровня в Танзании. Clin. Microbiol. Заразить. 17, 1279–1282.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Мшана, С. Э., Имирзалиоглу, К., Хоссейн, Х., Хайн, Т., Доман, Э. и Чакраборти, Т. (2009). Конъюгативные плазмиды IncFI, несущие CTX-M-15 среди изолятов, продуцирующих Escherichia coli ESBL, в университетской больнице в Германии. BMC Infect. Дис. 9, 97. DOI: 10.1186 / 1471-2334-9-97

CrossRef Полный текст

Муштак, С., Ирфан, С., Сарма, Дж. Б., Думит, М., Пайк, Р., Питу, Дж., Ливермор, Д. М., и Вудфорд, Н. (2011). Филогенетическое разнообразие штаммов Escherichia coli , продуцирующих карбапенемазы NDM-типа. J. Antimicrob. Chemother. 66, 2002–2005.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Naseer, U., Хальдорсен, Б., Тофтеланд, С., Хегстад, К., Шойц, Ф., Симонсен, Г.С., и Сундсфьорд, А. (2009). Молекулярная характеристика клинических изолятов Escherichia coli , продуцирующих CTX-M-15, выявила распространение штаммов ST131 (O25: h5) и ST964 (O102: H6) с множественной лекарственной устойчивостью в Норвегии. APMIS 117, 526–536.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Нельсон, М., Джонс, С. Х., Эдвардс, К., и Эллис, Дж. К. (2008). Характеристика популяций Escherichia coli из чаек, мусорных свалок и сточных вод с помощью риботипирования. Дис. Акват. Орг. 81, 53–63.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

НОРМА / НОРМА-ВЕТ.(2010). Использование противомикробных агентов и возникновение устойчивости к противомикробным препаратам в Норвегии . Осло: НОРМА-ПОО.

О’Брайен, Т. Ф. (2002). Возникновение, распространение и влияние на окружающую среду устойчивости к противомикробным препаратам: как использование противомикробного препарата в любом месте может повысить устойчивость к любому противомикробному препарату в другом месте. Clin. Заразить. Дис. 34, S78 – S84.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

О’Киф, А., Хаттон, Т.А., Шифферли, Д.М., и Рэнкин, С. (2010). Первое обнаружение β-лактамаз расширенного спектра CTX-M и SHV в изолятах мочевыводящих путей Escherichia coli от собак и кошек в США. Антимикробный. Агенты Chemother. 54, 3489–3492.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Отео, Дж., Диестра, К., Хуан, К., Баутиста, В., Новаис, А., Перес-Васкес, М., Мойя, Б., Миро, Э., Коке, Т. М., Оливер, А. ., Кантон Р., Наварро Ф. и Кампос Дж. (2009). Escherichia coli , продуцирующая бета-лактамазы расширенного спектра, в Испании принадлежит к большому разнообразию типов мультилокусного типирования последовательностей, включая комплекс ST10 / A, комплекс ST23 / A и ST131 / B2. Внутр. J. Antimicrob. Агенты 34, 173–176.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Отео, Дж., Перес-Васкес, М., и Кампос, Дж. (2010). Бета-лактамаза с расширенным спектром действия, продуцирующая Escherichia coli : изменение эпидемиологии и клинического воздействия. Curr. Opin. Заразить. Дис. 23, 320–326.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Паллекки, Л., Луккетти, К., Бартолони, А., Барталези, Ф., Мантелла, А., Гамбоа, Х., Караттоли, А., Парадизи, Ф., и Россолини, Г. М. (2007). Популяционная структура и гены устойчивости у устойчивых к антибиотикам бактерий из удаленного сообщества с минимальным воздействием антибиотиков. Антимикробный. Агенты Chemother. 51, 1179–1184.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Пейрано, Г., Костелло, М., и Питу, Дж. Д. (2010). Молекулярные характеристики продуцирующей бета-лактамазы расширенного спектра действия Escherichia coli из Чикаго: высокая распространенность ST131, продуцирующего CTX-M-15, в общественных больницах. Внутр. J. Antimicrob. Агенты 36, 19–23.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Пфайфер Ю., Витте В., Хольфельдер М., Буш Дж., Нордманн П. и Пуарель Л. (2011). NDM-1, продуцирующий Escherichia coli в Германии. Антимикробный. Агенты Chemother. 55, 1318–1319.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Пинто, Л., Радхуани, Х., Коэльо, К., Мартинс да Коста, П., Симоэс, Р., Брандао, Р. М.Л., Торрес, К., Игрехас, Г., и Поэта, П. (2010) . Генетическое обнаружение изолятов Escherichia coli , содержащих бета-лактамазы расширенного спектра действия, от хищных птиц из природного заповедника Серра-да-Эштрела в Португалии. заявл. Environ. Microbiol. 76, 4118–4120.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Pitout, J. D. D., Nordmann, P., Laupland, K. B., and Poirel, L. (2005). Появление в сообществе энтеробактерий, продуцирующих бета-лактамазы расширенного спектра (БЛРС). J. Antimicrob. Chemother. 56, 52–59.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Поэта, П., Радхуани, Х., Игреджас, Г., Гонсалвес, А., Карвалью, К., Родригес, Дж., Вину, Л., Сомало, С., и Торрес, К. (2008). Чайки природного заповедника Берленгас в Португалии как переносчики фекалий Escherichia coli , несущих бета-лактамазы расширенного спектра классов CTX-M и TEM. заявл. Environ. Microbiol. 74, 7439–7441.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Поэта, П., Радхуани, Х., Пинто, Л., Мартиньо, А., Рего, В., Родригес, Р., Гонсалвес, А., Родригес, Дж., Эстепа В., Торрес К. и Игрехас Г. (2009). Кабаны как резервуары бета-лактамазы расширенного спектра (БЛРС), продуцирующей Escherichia coli различных филогенетических групп. J. Basic Microbiol. 49, 584–588.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Помба, К., Да Фонсека, Дж. Д., Баптиста, Б. К., Коррейя, Дж. Д., и Мартинес-Мартинес, Л. (2009). Обнаружение пандемического вирулентного вируса O25-ST131 человека Escherichia coli CTX-M-15-продуцирующего клона, несущего гены qnrB2 и aac (6 ’) — Ib-cr, у собаки. Антимикробный. Агенты Chemother. 53, 327–328.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Радхуани, Х., Пинто, Л., Коэльо, К., Гонсалвес, А., Сарго, Р., Торрес, К., Игрехас, Г., и Поэта, П. (2010). Обнаружение Escherichia coli , несущих бета-лактамазы расширенного спектра классов CTX-M, в образцах фекалий канюков ( Buteo buteo ). J. Antimicrob. Chemother. 65, 171–173.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Рид, К.Д., Мис, Дж. К., Хенкель, Дж. С., и Шукла, С. К. (2003). Птицы, миграция и новые зоонозы: вирус западного нила, болезнь Лайма, грипп A и энтеропатогены. Clin. Med. Res. 1, 5–12.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Роллан Р. М., Хаусфатер Г., Маршалл Б. и Леви С. Б. (1985). Устойчивые к антибиотикам бактерии у диких приматов: повышенная распространенность у павианов, питающихся человеческими отходами. заявл. Environ.Microbiol. 49, 791–794.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст

Рутман, Э., Миллер, Р. Д., Филлипс-Конрой, Дж., И Хартл, Д. Л. (1985). Устойчивость к антибиотикам и структура популяции Escherichia coli из африканских желтых павианов, обитающих на свободе. заявл. Environ. Microbiol. 50, 749–754.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст

Рвего, И. Б., Исабирье-Басута, Г., Гиллеспи, Т. Р., и Голдберг, Т.Л. (2008). Передача бактерий через желудочно-кишечный тракт среди людей, горных горилл и домашнего скота в Национальном парке Бвинди, Уганда. Консерв. Биол. 22, 1600–1607.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Сато Г., Ока К., Асаги М. и Исигуро Н. (1978). Обнаружение конъюгативных плазмид R, придающих устойчивость к хлорамфениколу в Escherichia coli , выделенных из домашних и диких голубей и ворон. Zentralbl. Бактериол. Ориг. А 241, 407–417.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст

Сайях Р. С., Канини Дж. Б., Джонсон Ю. и Миллер Р. (2005). Паттерны устойчивости к противомикробным препаратам наблюдались у изолятов Escherichia coli , полученных из образцов фекалий домашних и диких животных, человеческих фекалий и поверхностных вод. заявл. Environ. Microbiol. 71, 1394–1404.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст

Ширак, П., Рёмер, А., Джорес, Дж., Каспар, Х., Гюнтер, С., Фильтр, М., Эйхберг, Дж., И Вилер, Л. Х. (2008a). Выделение и характеристика кишечной палочки E. coli от диких кабанов в Германии. заявл. Environ. Microbiol. 75, 695–702.

CrossRef Полный текст

Ширак П., Уолк, Н., Эверс, К., Уилкинг, Х., Стейнрук, Х., Фильтр, М., и Вилер, Л. Х. (2008b). ExPEC-типичные гены, связанные с вирулентностью, коррелируют с успешной колонизацией кишечными клетками E.coli в небольшой группе поросят. Environ. Microbiol. 10, 1742–1751.

CrossRef Полный текст

Шерли М., Гордон Д. М. и Коллиньон П. Дж. (2000). Вариации профиля устойчивости к антибиотикам у Enterobacteriaceae, выделенных из диких австралийских млекопитающих. Environ. Microbiol. 2, 620–631.

Pubmed Реферат | Pubmed Полный текст | CrossRef Полный текст